Tokugawa Yoshimune không phải là con trai của bất kỳ vị Tướng Quân nào trước đó. Đúng hơn, ông là thành viên của một dòng trong gia tộc Tokugawa. Tokugawa Ieyasu, người sáng lập ra Mạc phủ Tokugawa, đã rút ra bài học từ việc gia tộc Minamoto không có người nối dõi vào năm 1219, ông đã nhận ra rằng con cháu nối ngôi trực hệ sau này có thể sẽ chết và khiến gia tộc Tokugawa không có người nối dõi. Vì vậy, khi con trai Tokugawa Hidetada trở thành Tướng Quân thứ hai, ông đã chọn ba người con trai khác để thiết lập gosanke, Ngự tam gia, nam giới thuộc các dòng dõi này có thể trở thành Tướng Quân nếu một vị Tướng Quân nào đó không có hậu duệ trực hệ. Ba gosanke này là các dòng Owari (Vĩ Trương), Kii (Hòa Ca Sơn), và Mito (Thủy Hộ).

Tokugawa Yoshimune xuất thân từ dòng Kii. Người sáng lập nhà Kii là một con trai của Tướng Quân Tokugawa Ieyasu tên là Tokugawa Yorinobu. Tokugawa Ieyasu đã đưa người con này của mình thành Daimyō (Đại danh) của Kii. Con trai của Tokugawa Yorinobu tên là Tokugawa Mitsusada, kế tiếp ông đứng đầu nhà Kii. Khi Tokugawa Mitsusada cùng hai người con khác qua đời, Tokugawa Yoshimune là người con trai thứ tư của Tokugawa Mitsusada, đã trở thành daimyo của Kii vào năm 1705. Sau đó, ông trở thành Tướng Quân.

Tokugawa Yoshimune có quan hệ gần gũi với Mạc phủ Tokugawa. Tổ phụ của ông là Tokugawa Yorinobu, là em trai của Tướng Quân thứ hai, Tokugawa Hidetada, trong khi cha của ông là Tokugawa Mitsusada, là anh em họ gần nhất của Tướng Quân thứ ba, Tokugawa Iemitsu. Tokugawa Yoshimune là anh em họ đời hai của Tướng Quân thứ tư và thứ năm (hai Tướng Quân là anh em ruột) Tokugawa Ietsuna và Tokugawa Tsunayoshi, cũng như là anh em họ đời hai của Tokugawa Tsunashige, người là cha ruột của Tướng Quân Tokugawa Ienobu.